Cette nouvelle version incorpore de nombreuses améliorations en termes d'ergonomie, notamment pour guider l'utilisateur dans ses premiers pas.

Elle introduit aussi une distinction claire entre les phases et les étapes (appelées aussi itérations ou stages dans Prince2).

Les étapes permettent de suivre périodiquement le projet en définissant des points de contrôles réguliers. Une étape devrait durer entre 2 à 6 semaines. La planification consiste à rattacher simplement les objectifs aux étapes.

Les phases sont, quant à elles, juste un regroupement d'étapes. Dans cette nouvelle version, les dates de début et de fin n'ont pas besoin d'être saisies et peuvent être calculées automatiquement à partir des dates des étapes qu'elle contient.

Dans la version 1.3.1, le rattachement des tâches à une étape a été rendu obligatoire pour éviter des fausses anomalies.